События разворачиваются в 2116 году. Власти Японии занимаются поставками автопилотируемых дронов в государства с определенными проблемами. Система Сивилла расходится по всей планете. В рамках эксперимента ее запускают в страну, изнуренную бесконечными вспышками гражданской войны. Благодаря внедрению системы Шамбала, один из прибрежных городов, начинает процветать. Но позже Союз Азиатских стран направляет в Японию тайных сотрудников с миссией совершения теракта. Под подозрением находится конкретный человек, и чтобы расследовать дело и восстановить справедливость, в Шамбалу отправляется офицер Цунэмори.
Минуло три года с тех пор, как Синъя Когами покинул отдел расследований. Японское Управление общественной безопасности направляет следователя Аканэ Цунэмори в Южно-Восточный Азиатский Союз для расследования дела о притоке эмигрантов в Токио. Заодно она должна лично увидеть, как функционирует новый утопический город, управляемый системой Сивилла. Вдали от своего дома она вновь встречает старого знакомого.