Немо – молодая рыба-клоун, которая страдает от гиперопеки своего отца Марлина и мечтает отплыть хотя бы немного подальше от скучной безопасной территории, чтобы посмотреть океан. Попытка Немо доказать отцу, что он уже взрослый, приводит к серьезным неприятностям – сын оказывается в руках рыболовов. Теперь Марлину предстоит проплыть через весь океан, чтобы найти и спасти своего единственного сына.
Главные герои этой истории – две рыбки-клоуны, живущие на Большом Барьерном рифе, – Марлин и его сын Немо. Немо становится жертвой дайвера, дантиста из Сиднея, тот ловит его и сажает в аквариум. Марлин, в жизни не покидавший свой риф, отправляется в одиссею в открытый океан на поиски своего сына. В наполненном опасностями путешествии его сопровождает Дори, ужасно дружелюбная и чрезвычайно забывчивая рыбка. Тем временем, отчаянный пленник и его заточенные в аквариуме друзья по несчастью вынашивают план побега из стеклянной тюрьмы...